1、海關收到報關人正式申報的報關單電子數據后，電子審單軟件首先按預先設定的審核判斷條件參數對所申報的電子數據進行規范性審核。

2、報關單電子數據不能通過規范性審核的，海關不接受申報，退回報關單電子數據，允許報關人修改后重新申報，系統自動對外發布“不接受申報”信息，并作退單記錄。

3、報關單電子數據通過規范性審核的，海關即接受申報，電子審單軟件自動記錄接受申報時間，并對報關單電子數據進行通關風險布控捕捉、審單輔助決策審核和電子審單通道判別。提前申報的進、出口貨物許可證件有效期以海關接受申報之日為準。貨物進出口時，如與申報日匯率、稅率發生變化，以電子數據報關單通過海關計算機系統審核日期的匯率、稅率計算。進口轉關運輸貨物可以自運輸工具申報進境后，貨物運抵指運地前，向指運地海關提前申報。申報日期以電子數據報關單通過指運地海關計算機系統審核日期為準。

4、海關接受申報的報關單電子數據經通道判別處理后，分別按預先設定的通道判別表參數轉往以下三個海關作業環節，并自動對外發布相關指令：

轉由審單中心進行專業化審核，并自動對外發布“等待處理”指令；

轉由隸屬海關通關現場進行接單審核/征收稅費處理，并自動對外發布“現場交單”指令；

轉由放行環節進行復核驗放處理，并自動對外發布“辦理放行交單手續”指令。

交由放行環節復核放行處理程序僅適用于部分特定企業或特定貨物，并且只限于已經實行卡口管理的現場海關。

5、經電子審單轉由隸屬海關通關現場進行接單審核/征收稅費處理或轉由放行環節進行復核驗放處理的報關單電子數據，系統自動完成稅費計征處理，核銷征免稅證明，核注艙單、外匯核銷單電子數據，核扣加工貿易登記手冊和進出口許可證件等備案數據。